- a -

• AcquireSyncDataLock() : SyncData
• AddArg() : ArgsProcessor , ByteBufferArgsProcessor , DrmaaToolArgsProcessor , StringsArgsProcessor
• AddArgsPair() : ArgsProcessor
• AddArgsPairFromIntegerParameter() : ArgsProcessor
• AddArgsPairFromStringParameter() : ArgsProcessor
• AddAsyncTaskToAsyncTasksManager() : AsyncTasksManager
• AddBlastArg() : DrmaaBlastTool , ExternalBlastTool
• AddBlastArgs() : ArgsProcessor
• AddBlastArgsPair() : ExternalBlastTool
• AddCollectionCompoundIndex() : MongoTool
• AddCollectionSingleIndex() : MongoTool
• AddCompoundErrorToServiceJob() : ServiceJob
• AddCoordinateToJSON() : Coordinate
• AddCurlCallback() : CurlTool
• AddDoubleToDoubleLinkedList() : DoubleListNode
• AddDrmaaToolArgument() : DrmaaTool
• AddErrorDetails() : BlastTool
• AddErrorToBlastServiceJob() : BlastServiceJob
• AddExternalServerFromJSON() : ExternalServer
• AddExternalServerOperationsToJSON() : ServersManager
• AddExternalServerToServersManager() : ServersManager
• AddFieldToLuceneDocument() : LuceneDocument
• AddGeneralErrorMessageToServiceJob() : ServiceJob
• AddHsp() : BlastServiceJob
• AddIntegerToIntLinkedList() : IntListNode
• AddIRodsSearchTerm() : IRodsSearch
• AddLinkedService() : Service
• AddLinkedServiceToRequestJSON() : LinkedService
• AddLinkedServiceToServiceJob() : ServiceJob
• AddMappedParameterToLinkedService() : LinkedService
• AddMetadataDataAttributeSearchTerm() : IRodsSearch
• AddPairedService() : Service
• AddParameterErrorMessageToServiceJob() : ServiceJob
• AddParameterGroupAsJSON() : ParameterGroup
• AddParameterGroupChild() : ParameterGroup
• AddParameterGroupToParameterSet() : ParameterSet
• AddParameterKeyStringValuePair() : Parameter
• AddParametersToBodyWebService() : WebServiceData
• AddParametersToGetWebService() : WebServiceData
• AddParametersToPostWebService() : WebServiceData
• AddParameterToParameterGroup() : ParameterGroup
• AddParameterToParameterSet() : ParameterSet
• AddProvidersStateTableToRequest() : ProvidersStateTable
• AddReferenceServices() : Service
• AddRemoteDetailsToParameter() : Parameter
• AddRemoteResultsToServiceJobs() : PairedService
• AddRepeatableParameterGroupLabelParam() : ParameterGroup
• AddResultToServiceJob() : ServiceJob
• AddSchemaTermToJSON() : SchemaTerm
• AddSectionToResult() : PolymarkerTool
• AddServiceJobToJobsManager() : JobsManager
• AddServiceMetadataToJSON() : ServiceMetadata
• AddServiceResponseHeader() : Service
• AddServicesListToProvidersStateTable() : ProvidersStateTable
• AddSQLClausesToByteBuffer() : SQLClause
• AddSQLClauseToByteBuffer() : SQLClause
• AddSQLClauseToSQLClauseListByParts() : SQLClauseList
• AddStringToStringLinkedList() : StringListNode
• AddToJSON() : AsyncSystemBlastTool , AsyncSystemPolymarkerTool , BlastTool , DrmaaBlastTool , ExternalBlastTool , PolymarkerTool
• AddToProvidersStateTable() : ProvidersStateTable
• AddUserToGroup() : UserGroup
• AddUserToJSON() : User
• AllocateAddress() : Address
• AllocateAsyncTask() : AsyncTask
• AllocateAsyncTaskNode() : AsyncTask
• AllocateAsyncTasksManager() : AsyncTasksManager
• AllocateAsyncTasksManagerEventConsumer() : AsyncTasksManagerEventConsumer
• AllocateBlastServiceData() : BlastServiceData
• AllocateBlastServiceJob() : BlastServiceJob
• AllocateBlastServiceJobForDatabase() : BlastServiceJob
• AllocateBooleanParameter() : BooleanParameter
• AllocateByteBuffer() : ByteBuffer
• AllocateCoordinate() : Coordinate
• AllocateCountAsyncTask() : CountAsyncTask
• AllocateDataListNode() : DataListNode
• AllocateDoubleLinkedList() : DoubleListNode
• AllocateDoubleListNode() : DoubleListNode
• AllocateDoubleParameter() : DoubleParameter
• AllocateDrmaaServiceJob() : DrmaaServiceJob
• AllocateDrmaaTool() : DrmaaTool
• AllocateEventConsumer() : EventConsumer
• AllocateExtendedSchemaTerm() : SchemaTerm
• AllocateExternalServer() : ExternalServer
• AllocateExternalServerNode() : ExternalServerNode
• AllocateFieldNode() : FieldNode
• AllocateFileOutputStream() : FileOutputStream
• AllocateGrassrootsServer() : GrassrootsServer
• AllocateHandlerNode() : HandlerNode
• AllocateHashTable() : HashTable
• AllocateIntLinkedList() : IntListNode
• AllocateIntListNode() : IntListNode
• AllocateIRodsSearch() : IRodsSearch
• AllocateJsonNode() : JsonNode
• AllocateJSONParameter() : JSONParameter
• AllocateKeyValuePair() : KeyValuePair
• AllocateKeyValuePairNode() : KeyValuePair
• AllocateKeyValuePairNodeByParts() : KeyValuePair
• AllocateKeywordServiceMatcher() : ServiceMatcher
• AllocateLinkedList() : LinkedList
• AllocateLinkedService() : LinkedService
• AllocateLinkedServiceNode() : LinkedService
• AllocateLuceneDocument() : LuceneDocument
• AllocateLuceneFacet() : LuceneFacet
• AllocateLuceneFacetNode() : LuceneFacet
• AllocateLuceneFacetNodeByParts() : LuceneFacet
• AllocateLuceneTool() : LuceneTool
• AllocateMappedParameter() : MappedParameter
• AllocateMappedParameterNode() : MappedParameter
• AllocateMongoTool() : MongoTool
• AllocateOperationNameServiceMatcher() : ServiceMatcher
• AllocatePairedService() : PairedService
• AllocatePairedServiceNode() : PairedServiceNode
• AllocatePairedServiceNodeByParts() : PairedServiceNode
• AllocateParameterGroup() : ParameterGroup
• AllocateParameterGroupNode() : ParameterGroupNode
• AllocateParameterNode() : Parameter
• AllocateParameterSet() : ParameterSet
• AllocateParameterSetNode() : ParameterSetNode
• AllocatePlugin() : Plugin
• AllocatePluginListNode() : PluginListNode
• AllocatePluginNameServiceMatcher() : ServiceMatcher
• AllocatePluginOperationNameServiceMatcher() : ServiceMatcher
• AllocateProvidersStateTable() : ProvidersStateTable
• AllocateRawServerConnection() : Connection
• AllocateRegExp() : RegExp
• AllocateRemoteParameterDetails() : RemoteParameterDetails
• AllocateRemoteParameterDetailsNode() : RemoteParameterDetailsNode
• AllocateRemoteParameterDetailsNodeByParts() : RemoteParameterDetailsNode
• AllocateRemoteServiceJob() : RemoteServiceJob
• AllocateResourceParameter() : ResourceParameter
• AllocateResourceServiceMatcher() : ServiceMatcher
• AllocaterRawClientConnection() : Connection
• AllocateSchemaTerm() : SchemaTerm
• AllocateSchemaTermNode() : SchemaTermNode
• AllocateSchemaTermNodeByParts() : SchemaTermNode
• AllocateSchemaVersion() : SchemaVersion
• AllocateServiceJob() : ServiceJob
• AllocateServiceJobNode() : ServiceJobNode
• AllocateServiceJobSet() : ServiceJobSet
• AllocateServiceJobSetIterator() : ServiceJobSetIterator
• AllocateServiceMatcher() : ServiceMatcher
• AllocateServiceMetadata() : ServiceMetadata
• AllocateServiceNode() : ServiceNode
• AllocateServicesArray() : ServicesArray
• AllocateSignedIntParameter() : SignedIntParameter
• AllocateSimpleServiceJobSet() : ServiceJobSet
• AllocateSQLClause() : SQLClause
• AllocateSQLClauseList() : SQLClauseList
• AllocateSQLClauseNode() : SQLClauseNode
• AllocateSQLiteTool() : SQLiteTool
• AllocateStringIntPairArray() : StringIntPairArray
• AllocateStringLinkedList() : StringListNode
• AllocateStringListNode() : StringListNode
• AllocateSyncData() : SyncData
• AllocateSystemAsyncTask() : SystemAsyncTask
• AllocateSystemAsyncTaskFromAsyncTasksManager() : AsyncTasksManager
• AllocateTimeParameter() : TimeParameter
• AllocateUnsignedIntParameter() : UnsignedIntParameter
• AllocateUser() : User
• AllocateUserGroup() : UserGroup
• AllocateUserGroupNode() : UserGroupNode
• AllocateUserNode() : UserNode
• AllocateWebServerConnection() : Connection
• AllocFailure() : AllocFailure
• AppendStringsToByteBuffer() : ByteBuffer
• AppendStringToByteBuffer() : ByteBuffer
• AppendToByteBuffer() : ByteBuffer
• AppendVarArgsToByteBuffer() : ByteBuffer
• ArgsProcessor() : ArgsProcessor
• AsyncSystemBlastTool() : AsyncSystemBlastTool
• AsyncSystemPolymarkerTool() : AsyncSystemPolymarkerTool