- s -

• SaveCommandLine() : SystemBlastFormatter , SystemBlastTool
• SaveHashTable() : HashTable
• SaveJobMetadata() : PolymarkerTool
• SearchLucene() : LuceneTool
• SeekHandler() : Handler
• SendSyncData() : SyncData
• SerialiseDrmaaTool() : DrmaaTool
• SerialiseExternalServerToJSON() : ExternalServer
• SerialiseServiceJobToJSON() : ServiceJob
• SetAddressCentreCoordinate() : Address
• SetAddressNorthEastCoordinate() : Address
• SetAddressSouthWestCoordinate() : Address
• SetAsyncTaskConsumer() : AsyncTask
• SetAsyncTaskRunData() : AsyncTask
• SetAsyncTaskSyncData() : AsyncTask
• SetConnectionCredentials() : Connection
• SetCoordinateElevation() : Coordinate
• SetCoordinateFromJSON() : Coordinate
• SetCoresPerSearch() : DrmaaBlastTool
• SetCountAsyncTaskLimit() : CountAsyncTask
• SetCurlToolAuth() : CurlTool
• SetCurlToolForJSONPost() : CurlTool
• SetCurlToolHeader() : CurlTool
• SetCustomOutputColumns() : BlastTool
• SetDefaultErrorStream() : OutputStream
• SetDefaultLogStream() : OutputStream
• SetDrmaaOptions() : DrmaaBlastTool
• SetDrmaaToolCores() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolCurrentWorkingDirectory() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolEmailNotifications() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolEnvVars() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolHostName() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolJobId() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolJobName() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolJobOutId() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolMemory() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolOutputFilename() : DrmaaTool
• SetDrmaaToolQueueName() : DrmaaTool
• SetEmailNotifications() : DrmaaBlastTool
• SetExecutable() : AsyncSystemPolymarkerTool
• SetInputFilename() : BlastTool , ExternalBlastTool
• SetJobMetadata() : PolymarkerTool
• SetJobUUID() : PolymarkerTool
• SetLinkedListFreeNodeFunction() : LinkedList
• SetLuceneToolOutput() : LuceneTool
• SetMappedStringParameterValue() : MappedParameter
• SetMetadataForService() : Service
• SetMongoToolCollection() : MongoTool
• SetMongoToolDatabase() : MongoTool
• SetMongoToolDatabaseAndCollection() : MongoTool
• SetNumericObservationCorrectedValue() : NumericObservation
• SetNumericObservationRawValue() : NumericObservation
• SetParameterCurrentValueFromString() : Parameter
• SetPattern() : RegExp
• SetPluginNameForServiceMatcher() : PluginNameServiceMatcher
• SetPolymarkerSequence() : PolymarkerTool
• SetRemoteServiceJobDetails() : RemoteServiceJob
• SetSchemaVersionDetails() : SchemaVersion
• SetServiceJobCalculateResultFunction() : ServiceJob
• SetServiceJobCustomFunctions() : Service
• SetServiceJobDescription() : ServiceJob
• SetServiceJobFreeFunction() : ServiceJob
• SetServiceJobName() : ServiceJob
• SetServiceJobStatus() : ServiceJob
• SetServiceJobUpdateFunction() : ServiceJob
• SetServiceJobURL() : ServiceJob
• SetServiceJobUUID() : ServiceJob
• SetServiceMetadataValues() : ServiceMetadata
• SetServiceReleaseFunction() : Service
• SetServiceRunning() : Service
• SetSQLiteDatabase() : SQLiteTool
• SetSQLiteToolTable() : SQLiteTool
• SetSSLEngine() : CurlTool
• SetStringIntPair() : StringIntPair
• SetStringObservationCorrectedValue() : StringObservation
• SetStringObservationCorrectedValueFromJSON() : StringObservation
• SetStringObservationRawValue() : StringObservation
• SetSystemAsyncTaskCommand() : SystemAsyncTask
• SetUpOutputFile() : BlastTool , DrmaaBlastTool , ExternalBlastTool
• SetUriForCurlTool() : CurlTool
• SortStringIntPairsByCountAscending() : StringIntPairArray
• SortStringIntPairsByCountDescending() : StringIntPairArray
• SplitList() : LinkedList
• SQLITE_VAL() : SQLiteTool
• StartAsyncTaskManagerWorkers() : AsyncTasksManager
• StringsArgsProcessor() : StringsArgsProcessor
• SystemBlastTool() : SystemBlastTool
• SystemBlastToolFactory() : SystemBlastToolFactory